在集装箱多式联运中，铁路需要能够发挥高效率的集装箱专列站到站运输计划，但是我国公路集装箱运输企业规模小、经营观念陈旧、人才匮乏、装备落后、没有能力与铁路集装箱专列进行衔接形成运输系统，由于铁路是计划性十分强的的运输方式，少量的集装箱铁路运输需求铁路只能将其混编在货车运输计划中，这种方式的集装箱公铁联运是满足不了客户对集装箱门到门准时化服务的要求，这就是今天集装箱公铁联运发展缓慢的根本原因。目前，铁路集装箱因无专列计划造成运输效率低下，相当比例的长途适箱货物采用了不经济的汽车公路运输，这种现象不但造成了中国交通资源浪费和能源紧张，而且国内落后的运输现状导致中国企业的物流成本高企不下，在挤压国内产品利润空间的同时又制约了中西部开发及产业转移、升级。长期如此，中国经济不平衡状况难以改善，今天的全球能源危机，中国物流系统的落后是脱不了干系的。

集装箱运输基本上克服了散杂货的上述种种不足，受到运输公司、货主的广泛欢迎。但是集装箱运输也不是完美无缺的：

每次卸货拆箱后，承运人所属箱子需要收回。在装货港和卸货港货物流量不平衡的情况下，如中国-北美，中国-欧洲等航线上，班轮公司不得不将所属空箱调回，这大大增加了成本。

另外，如果集装箱的调度调配不当，也会造成集装箱在某地的积压，产生大量的堆存费。但总体来说，集装箱运输利大于弊，优势比较明显。如今，集装箱运输在全球范围内被广泛使用，成为货物流通的重要手段。